De naam verwijst naar de brouwerij die door de monniken werd uitgebaat. In de 12de eeuw al brouwden de paters in Affligem bier. Waarschijnlijk was dat toen alleen voor eigen gebruik, want de regel van Benediktus schrijft voor dat de monniken zoveel mogelijk in hun eigen levensonderhoud moeten voorzien en bier was toen gewone tafeldrank.
Later in de middeleeuwen werd ook bier uitgedeeld aan de armen die aan de kloosterpoort kwamen bedelen.

De brouwerij kende in het kloostedomein diverse locaties. In de 17de eeuw lag ze bij de Kamgracht waar water beschikbaar was. De laatste uitbating gebeurde er van 1895 tot 1940 van de Benediktuspoort. Na WO II werd er met toepassing van de oude methode buiten de abdij gebrouwen. Vanaf 1970 gebeurt dat in Opwijk door Brouwerij De Smedt. Thans maakt deze brouwerij deel uit van de Heineken groep. De Affligem wordt er gebrouwen volgens het oude recept van de monniken. De uitzonderlijke smaak van het Affligem bier wordt vooral bepaald door de hergisting in de fles waarbij fijne aromastoffen vrijkomen.